工程进度款、工程结算款和工程垫资款是完全不同的两种资金，两者性质的认定，决定了发包方与承包方的利益损失大小。
工程进度款与工程结算款在本质是一样的，同属于发包方应付的工程价款，欠付工程价款是发包人的违约行为，即承包人依照约定完成工程施工建设，发包人未按约定给付相应的工程款，构成了违约。拖欠工程进度款、工程结算款应适用《最高人民法院最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（一）第二十六条关于欠付工程款利息计算标准的规定。拖欠的工程进度款与工程结算款的后果是从拖欠次日起支付利息，计算利息的方式：当事人对欠付工程价款没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率计息；有约定的，按照约定的标准计算，但是该利息计算标准不得超过同期贷款市场报价利率的4倍。
工程垫资款
工程垫资款，是指承包方在合同签订后，不要求发包方先支付工程款或者支付部分工程款，而是利用自有资金先进场进行施工，待工程施工到一定阶段或者工程全部完成后，由发包方支付垫付的工程款。
《最高人民法院最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（一）第二十五条关于工程垫资款利息计算标准的规定。在垫资合同或者合同中的垫资条款中对垫资本金及利息有明确约定的，如双方发生纠纷，应按照合同的约定处理本金及利息的问题，但是约定的利息计算标准不能高于垫资时的同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率，超过部分无效；如果仅对垫资本金有约定，对垫资利息没有约定，则承包人没有对返还垫资利息的请求权；如果虽有垫资的行为，但合同中没有关于垫资的约定，则发生纠纷后，已经发生的垫资按照一般的工程欠款处理。
但是，需要特别注意的是，政府投资项目严禁由施工单位垫资建设，根据《关于严禁政府投资项目使用带资承包方式进行建设的通知》以及《政府投资条例》规定，政府投资项目不得由施工单位垫资建设。不得将建筑业企业带资承包作为招投标条件；严禁将此类内容写入工程承包合同及补充条款，否则会导致投资项目被迫停止，相关责任人员被处罚。
一般来说，对于发包人应付给承包人的工程款，发包人更倾向于解释成为垫资款，而承包人更倾向于解释为欠付的工程进度款、结算款。人民法院在裁判中，会从资金实际用途和性质出发，结合双方证据，具体问题具体分析，从而确定是适用工程进度款、工程结算款还是工程垫资款。
